友情提醒：学习 Perl

BioPerl 是 Perl 的扩展模块，所以在学习 BioPerl 之前自然应该了解 Perl 语言。哦，错了，不只是了解，应该熟练掌握！

至少就我们国家的情况来看，Perl 作为一门编程语言在计算机程序员中还不是很流行（相比较而言 C 或 C++ 之类的编译型语言更受欢迎），但幸运的是介绍 Perl 语言的教材却不少，可见以 Perl、Python 为代表的“解释型”语言在IT界也是越来越有活力了。在此我向大家隆重推荐由 O'Reilly Media, Inc 出版，Randal L.Schwartz, Tom Phoenix 和 brian d foy 编著的入门教材 Learning Perl，写得相当精彩有趣。基本上掌握了这本书的内容就相当于掌握了 Perl 编程的基础。我们都亲切地称之为 “小驼书”。

关于模块

BioPerl 就是一组 Perl 的模块，所以在学习 BioPerl 之前了解一下 Perl 的模块知识也是十分重要的。

来看“小驼书”中的一个例子：在变量 $name 中存放了一个文件路径名，请取出它的文件基名（basename）和目录名（dirname），再把它们重新连接成完整的文件名（咋一看这个操作很无聊，没关系，这只是个例子而已）。

如果不用模块，就得这么写：

                    my $name = "/usr/local/bin/perl";
                    (my $basename = $name) = ~s%.*/%%;         # 取出文件基名$basename
                    (my $dirname = $name) = ~s%(.*)/.*$%$1%;   # 取出目录名$dirname
                    my $filename = "$dirname/$basename";       # 将文件基名和目录名连接起来
                

第二句和第三句实在是很令人困惑，看了半天才能想清楚 s%(.*)/.*$%$1% 是要干什么。如果改用模块写，就稍微清楚一些：

                    use File::Basename;
                    use File::Spec;
                    my $name = "/usr/local/bin/perl";
                    my $basename = basename $name;
                    my $dirname = dirname $name;     # 现在是动听的名字basename和dirname，
                                                     # 而非枯燥的s%.*/%%
                    my $filename = File::Spec->catfile($dirname,$basename);
                

模块 FAQ

详细的模块知识需要参考《Intermediate Perl》（俗称羊驼书）。由于这本书目前尚无中文翻译版，故没有小驼书那么普及。不过，如果你只想用一用 BioPerl，那么不看羊驼书也没关系。

（1）use File::Basename; 这句代码为什么中间有两个冒号？

答：这是告诉 Perl 你需要使用的模块的名称和路径。我们要用的模块名称叫做 Basename.pm（后缀名 .pm 不写），它是存放在 File 这个 文件夹里。那么 File 这个文件夹是存放在什么地方呢？这就要提到 Perl 里面一个很重要的特殊数组：@INC。你不妨可以在终端键入这条命令（其实是一条非常简短的 Perl 程序，打印出数组 @INC 的内容）

                    perl -e 'print "@INC\n"';
                

我的结果是这样的：

                    /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.10.1 /usr/local/share/perl/5.10.1
                    /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.10 /usr/share/perl/5.10 
                    /usr/local/lib/site_perl .
                

一共显示了 9 个目录！（包括一个当前目录，就是最后那个点号.）当 Perl 看到了 use 语句之后，就会依次沿着这 9 个目录去寻找 File 这个文件夹。现在你应该明白这是怎么一回事了吧？

（2）我如何知道自己需要使用那些模块？还有模块的位置？

答：这个就没有捷径了，只能自己勤查文档。

（3）我如何知道系统上是否已经安装了某个模块？

答：使用 perldoc 命令（后面跟上模块名就行了，比如 perldoc File::Basename）, 可以查看模块的文档。只要能打开它的文档，当然就说明已经安装了对应的模块。（在“小驼书”上亦有有对应的说明，仔细找找吧~）

（4）如果系统上恰好没有安装我需要的模块，我该怎么自己安装？

答：方法有以下几种

• 源代码安装：“小驼书”上也有，就是像安装经典的（古老的）UNIX 软件那样安装，比较麻烦，极不推荐。
• 使用 CPAN 来安装，十分简单，只要一句命令就 OK。极力推荐。

                              cpan ModuleName
                          

  当然有几个前提：你必须有 Internet 连接，你得有 ROOT 权限。（没有 ROOT 也没关系，有一个变通办法可以解决。）
• 不安装，直接把模块文件 .pm 文件下载下来，扔到某一个 @INC 列表里面的目录里就 OK，推荐给懒人使用。但有时行不通，比如模块之间相互依赖时。
• 在 Windows 上使用 Perl 包管理器（PPM）来安装，但是在 Windows 上编写和运行 BioPerl 本身就不是一件非常完美的事情，所以大家慎重考虑。

我怎样安装 BioPerl？

有些 Linux 发行版会在软件源中提供 bioperl，安装就比较方便。比如 Ubuntu，在自己的“软件中心”中就可以找到 bioperl 这个软件包，相当方便。

对于没有专门提供 bioperl 软件包的操作系统，或者对于 Windows 操作系统来说，安装会稍微麻烦一些。BioPerl的官方网站给出了详细的安装说明：

此外上面说到的“懒人方法”也是适用的，就是把 .pm 文件下载下来，扔到某个 @INC 里面。（注意如果是 A::B::C 这种类型的，就要小心目录结构了）

面向对象

BioPerl 的大部分模块都是面向对象的！“面向对象”是一个听起来既时髦又悬乎的词语。

您可能会说，我从来没听说过 Perl 语言是面向对象的呀。 其实，所谓的“面向对象”和“面向过程”不过是一种编程的思路而已，与具体语言无关。我们开始学习编程时无一例外地接触的是面向过程。那么两者之间的差别在哪儿呢？差别非常大，但是又很有趣。请听下回分解。